En principio, yo soy partidario de tratar de organizar una estructura de la edificación grande, como punto de partida, puesto que es mucho más fácil borrar que añadir. Es decir, yo creo que si nos organizamos una estructura con 9 plantas y 5 portales, por ejemplo, tendremos a cubierto de inicio cualquier estructura con menos de 9 plantas y menos de 5 portales, y podríamos borrar en el inicio (o no) aquellos que sobren. Incluso puede llegar a ocurrir que en principio no tengas previsto dividir la estructura en dos alturas, y que finalmente sea necesario... Osea, que en este caso menos es más no está justificado.
El ejemplo de inicio lo hago mucho más simple, para que vayamos comentando. Es para una estructura de 4 plantas (sotano, baja y dos más) y dos portales.

En principio, partimos de asignar a cada piso 4 o 5 archivos de esta manera que pongo.

De tal manera que tenemos un archivo para los elementos constructivos. Un segundo archivo para "tanteos", otro para los elementos 2D (muebles, lineas extra, cosas que no seamos capaces de modelar, etc), otro para cotas, superficies y textos, y otro para instalaciones.
OJO, a mi me gusta poner la estructura de archivos como la estructura de la edificación, de abajo hacia arriba... eso va en gustos, ¿no?
Ahora lanzamos el debate. ¿nos vale con estos 4? ¿Si en el estudio trabaja mucha gente, tal vez sea mejor dividir más, tener más archivos?
Bueno, espero comentarios y opiniones.